موسسه معارف اهل بیت علیهم السلام ساختار خود را بر اساس چهار معاونت مأموریتی پژوهشی، آموزشی، فرهنگی، بین‌الملل و یک معاونت پشتیبانی و منابع انسانی سامان داده است، در بخش پژوهش نیز با دریافت مجوز پژوهشکده معارف اهل بیت(ع) از حوزه علمیه، در ۳ گروه پژوهشی فقه العقائد، حدیث‌پژوهی، و روش‌شناسی و مبانی معرفتی فعالیت می‌نماید.

حجت الاسلام قنبرزاده گفت: پژوهشکده معارف اهل بیت(ع) شامل سه گروه می باشد، گروه فقه العقائد که به فقه عقائد می‌پردازد و فعالیت اصلی آن تهیه منابع و تنقیح آثار اجتهادی و در ادامه آن، تحقیق بر روی موضوعات کلامی است گروه حدیث‌ پژوهی که به حوزه حدیث می‌پردازد و گروه روش‌ شناسی و مبانی معرفتی که به حوزه روش‌شناسی و مبانی معرفتی می‌پردازد و معتقدیم که این عرصه تا روش‌شناسی مناسبی نداشته باشد، مدار دانش کلام بر مسیر دقیق و حقیقی خودش قرار نمی‌گیرد.

دبیرعلمی گروه روش شناسی و مبانی معرفتی پِژوهشکده معارف اهل بیت(ع) گفت: بخشی از غرفه ما مربوط به پژوهشکده امامت می باشد که گروه های مختلفی همچون امامت تبیینی، امامت تطبیقی، روش شناسی، تاریخ امامت و گروه پاسخ به شبهات می باشد.

وی افزود: یکی از نکات مهمی که در پژوهشگاه معارف اهل بیت(ع) دنبال می شود پیگیری پروژه های ناب بدون هیچ پیشینه پژوهشی می باشد که در حال انجام است و مهم ترین پروژه ای که هم اکنون دنبال می شود موسوعه احادیث اعتقادی هست که تعداد زیادی پژوهشگر به مدت ده سال است روی آن کار می کنند که کتابی همچون وسائل الشیعه در اعتقادات نوشته شود.